Auch in der Organisationsstruktur der Gutenberg-Gesundheitsstudie spiegelt sich der interdisziplinäre Forschungsansatz wider. Der Lenkungsausschuss wird als oberstes Gremium durch den Leitungsausschuss sowie den Studienkoordinator in der Durchführung des Projektes unterstützt. Weitere Gremien sind der Wissenschaftliche Beirat und der Beirat für Ethik, Datenschutz und Datensicherheit.
Die Gutenberg-Gesundheitsstudie wird als interdisziplinärer Forschungsverbund durch die Kardiologie I in Zusammenarbeit mit weiteren zentralen Einrichtungen durchgeführt:
Um den interdisziplinären, fächerübergreifenden Charakter der Studie zu unterstreichen, wurde die Studie im Februar 2011 von "Gutenberg-Herz-Studie" in "Gutenberg-Gesundheitsstudie" umbenannt.